Automatorその後
2006.9.5
「Finder項目を検索」アクションはサブフォルダの中身も対象にするようです。したがって、ルートフォルダを対象に変更日が今日のファイルを選び出せば、それだけで済む話でした。完成したワークフローは以下の様になります。

これで今日変更したファイルをサブフォルダを含めて全てアップロードしてくれます。
やはりうまくいかない
2006.9.11
と書いてみたのですが、これだとサブフォルダのファイルをルートフォルダにアップロードしてしまう事がわかりました。取り敢えずフォルダ別に作る事にします。
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